تعود بداية التعليم الفني والمهني في أفغانستان إلى فترة حكم أمان الله خان عام 1302 الشمسي الموافق لعام 1923 الميلادي.

في البداية تم تنفيذ قيادة المدارس الفنية والمهنية من قبل إدارة التعليم الثانوي بوزارة التربية والتعليم، واستمرت هذه العملية حتى عام 1326 الشمسي الموافق لعام 1947 الميلادي، وفي نفس العام بسبب توسع العمل، تأسست الإدارة المهنية في وزارة التربية والتعليم في هذا الإطار، وخضعت جميع المدارس الفنية والمهنية لتأثير هذه الإدارة.

بعد ذلك، بناءً على احتياجات المدارس الفنية والمهنية، تم إنشاء أقسام الزراعة والتكنولوجيا والإدارة والصناعات واحدة تلو الأخرى في المركز والمحافظات، وفي عام 1330 الشمسي الموافق لعام 1951 ميلادي تم ترقية مديرية التعليم المهني إلى رئاسة التعليم المهني.

استمرت هذه الرئاسة في العمل تحت مظلة وزارة التربية والتعليم حتى عام 1356 شمسي الموافق لعام 1977 الميلادي، وفي عام 1357 هـ، تم اختيارها لتكون الوحدة الثانية في هيكل الوزارة منفصلة عن وزارة التربية والتعليم مع تشكيلها وميزانيتها. متزامناً مع نقل هذه الرئاسة تم تغيير اسم وزارة التعليم العالي إلى وزارة التعليم العالي والتعليم المهني.

في عام 1361 الشمسي الموافق لعام 1982 الميلادي، مع تطور مدارس التعليم الفني والمهني في الدولة، أنشئت هذه المؤسسة التعليمية تحت اسم إدارة التعليم الفني والمهني في هيكل وزارة التعليم العالي والمهني. وفي العام الهجري، قسم التعليم الفني والمهني تم فصله عن وزارة التعليم العالي والمهني وتطور إلى وزارة التعليم الفني والمهني.

لاحقاً في عام 1367 الشمسي الموافق لعام 1988 الميلادي، تم فصل إدارة التعليم التقني والمهني عن وزارة التعليم العالي والمهني وتطورت إلى وزارة التعليم التقني والمهني.

في عام 1368 الشمسي الموافق لعام 1989 الميلادي، تم نقل هذه المؤسسة مرة أخرى إلى وزارة التعليم العالي تحت اسم وكالة التعليم الفني والمهني، وفي عام 1371 الشمسي الموافق لعام 1992 الميلادي تم تغيير اسم هذه المؤسسة إلى إدارة التعليم الفني والمهني.

في عام 1374 الشمسي الموافق لعام 1995 الميلادي، تم فصل إدارة التعليم الفني والمهني عن وزارة التعليم العالي وتسليمها للهيكل التنظيمي لوزارة التربية والتعليم. في عام 1387 الشمسي الموافق لعام 2008 الميلادي، في هيكل وزارة التربية والتعليم تم ترقية رئاسة التعليم الفني والمهني إلى وزارة التعليم الفني والمهني.

في عام 1397 الشمسي الموافق لعام 2018 الميلادي، وبناءً على المرسوم الصادر بتاريخ (1/2/1397) الموافق لعام (20/ فبرایر/۲۰۱۹) رقم (11)، قام رئيس الجمهورية لذلك الوقت بفصل وكالة التعليم الفني والمهني عن وزارة التربية والتعليم وترقيتها إلى درجة إدارة التعليم الفني والمهني.